Haberler | Cornell ekibi, transpozonların nasıl hareket ettiğini ve genomu yeniden şekillendirdiğini yeni nesil dizileme ile ortaya koyuyor
Cornell University araştırmacıları, kromatini incelemek için kullanılan yüksek çözünürlüklü genom haritalama yöntemi CUT&Tag'in, geleneksel dizilemenin tekrarlayan dizilere yönelik yanlılığını aşabildiğini bildirdi. Yöntem, transpozonların genom içinde nasıl hareket ettiğini ve işlev gördüğünü net biçimde ortaya koyuyor. Bir zamanlar "çöp DNA" olarak görülen bu unsurların bağışıklık yanıtları, nörolojik işlev, embriyo gelişimi ve evrimde önemli rolleri olduğu artık biliniyor.
Çalışma iScience'da 21 tarihinde yayımlandı. Sorumlu yazar Patrick Murphy (Ph.D. ’13), gelişmenin örnek hazırlama sırasında atılan katı genom materyalini yakaladığını söyledi.
"Çöp DNA" çöp değil; biyolojik işlevde rol alan kadim viral kalıntılar
Transpozonlar Nobel ödüllü Barbara McClintock tarafından mısırda keşfedildi ve kadim viral enfeksiyonlardan kaynaklandı. Murphy, bu dizilerin artık işlevimize yardımcı olan temel bileşenlere dönüştüğünü belirtti.
İnsanlarda transpozonların "sıçraması" hastalıklara katkıda bulunabilecek mutasyonlara yol açabilir veya enfeksiyonlara karşı koruma sağlayabilir. Bazıları embriyo gelişiminin erken aşamalarında etkinleşerek kök hücre ve plasenta gelişiminde rol oynar.
Transpozonlar insan genomunun yarısını oluştursa da işlevleri hâlâ tam olarak bilinmiyor. Geleneksel dizilemede transpozon açısından zengin katı fraksiyon gözden kaçtığı için bunlar "çöp DNA" olarak adlandırılmıştı.
Murphy, atılan katı fraksiyonun aslında transpozonların çoğunu içerdiğini söyledi.
CUT&Tag, göz ardı edilen genom yarısına söz hakkı veriyor
CUT&Tag, kromatin yapısını incelemek üzere 2019 yılında geliştirildi. Cornell ekibi yöntemin tekrarlayan diziler bakımından zengin transpozon bölgelerinde çalıştığını ve ChIP gibi geleneksel yöntemlerin yanlılıklarından kaçındığını gösterdi.
Bazı kanser tedavileri tümör hücrelerine karşı bağışıklık saldırısını tetiklemek için transpozonları etkinleştirir. Bu mekanizmaların anlaşılması daha hassas tedavilere katkı sağlayabilir. Bunun klinik tedavi, üreme tıbbı, gelişimsel araştırmalar, tarım, mikrobiyoloji ve türleşme üzerinde etkileri olabilir.
Kurumlar arası iş birliği araştırmayı ilerletiyor
İlk yazar Brandon Park, Murphy Rochester University'de profesörken laboratuvarına katıldı. Diğer yazarlar Kristin Murphy (Ph.D. ’13), Shan Hua, Karli Casler ve Rochester University'deki Mitchell O’Connell laboratuvarından iş birlikçileri içeriyordu. Çalışma National Institutes of Health (NIH) tarafından finanse edildi.
Haberler | Cornell ekibi, transpozonların nasıl hareket ettiğini ve genomu yeniden şekillendirdiğini yeni nesil dizileme ile ortaya koyuyor
Haberler | Cornell ekibi, transpozonların nasıl hareket ettiğini ve genomu yeniden şekillendirdiğini yeni nesil dizileme ile ortaya koyuyor
Cornell University araştırmacıları, kromatini incelemek için kullanılan yüksek çözünürlüklü genom haritalama yöntemi CUT&Tag'in, geleneksel dizilemenin tekrarlayan dizilere yönelik yanlılığını aşabildiğini bildirdi. Yöntem, transpozonların genom içinde nasıl hareket ettiğini ve işlev gördüğünü net biçimde ortaya koyuyor. Bir zamanlar "çöp DNA" olarak görülen bu unsurların bağışıklık yanıtları, nörolojik işlev, embriyo gelişimi ve evrimde önemli rolleri olduğu artık biliniyor.
Çalışma iScience'da 21 tarihinde yayımlandı. Sorumlu yazar Patrick Murphy (Ph.D. ’13), gelişmenin örnek hazırlama sırasında atılan katı genom materyalini yakaladığını söyledi.
"Çöp DNA" çöp değil; biyolojik işlevde rol alan kadim viral kalıntılar
Transpozonlar Nobel ödüllü Barbara McClintock tarafından mısırda keşfedildi ve kadim viral enfeksiyonlardan kaynaklandı. Murphy, bu dizilerin artık işlevimize yardımcı olan temel bileşenlere dönüştüğünü belirtti.
İnsanlarda transpozonların "sıçraması" hastalıklara katkıda bulunabilecek mutasyonlara yol açabilir veya enfeksiyonlara karşı koruma sağlayabilir. Bazıları embriyo gelişiminin erken aşamalarında etkinleşerek kök hücre ve plasenta gelişiminde rol oynar.
Transpozonlar insan genomunun yarısını oluştursa da işlevleri hâlâ tam olarak bilinmiyor. Geleneksel dizilemede transpozon açısından zengin katı fraksiyon gözden kaçtığı için bunlar "çöp DNA" olarak adlandırılmıştı.
Murphy, atılan katı fraksiyonun aslında transpozonların çoğunu içerdiğini söyledi.
CUT&Tag, göz ardı edilen genom yarısına söz hakkı veriyor
CUT&Tag, kromatin yapısını incelemek üzere 2019 yılında geliştirildi. Cornell ekibi yöntemin tekrarlayan diziler bakımından zengin transpozon bölgelerinde çalıştığını ve ChIP gibi geleneksel yöntemlerin yanlılıklarından kaçındığını gösterdi.
Bazı kanser tedavileri tümör hücrelerine karşı bağışıklık saldırısını tetiklemek için transpozonları etkinleştirir. Bu mekanizmaların anlaşılması daha hassas tedavilere katkı sağlayabilir. Bunun klinik tedavi, üreme tıbbı, gelişimsel araştırmalar, tarım, mikrobiyoloji ve türleşme üzerinde etkileri olabilir.
Kurumlar arası iş birliği araştırmayı ilerletiyor
İlk yazar Brandon Park, Murphy Rochester University'de profesörken laboratuvarına katıldı. Diğer yazarlar Kristin Murphy (Ph.D. ’13), Shan Hua, Karli Casler ve Rochester University'deki Mitchell O’Connell laboratuvarından iş birlikçileri içeriyordu. Çalışma National Institutes of Health (NIH) tarafından finanse edildi.
Haber kaynağı:
Çevrim içi kaynaklardan derlenmiştir